Peperwortelperoksidase is 'n ensiem wat algemeen in die wortels van die peperwortelplant (Armoracia rusticana) voorkom. Dit is 'n tipe peroksidase-ensiem, wat beteken dat dit in staat is om die oksidasie van 'n substraat te kataliseer deur waterstofperoksied as 'n oksidant te gebruik. Peperwortelperoksidase word dikwels in biochemie en molekulêre biologie-navorsing gebruik as 'n etikettering- en opsporingsinstrument vanweë sy vermoë om 'n waarneembare sein in die teenwoordigheid van 'n substraat te produseer.